Chemická informatika a databáza REAXYS
NISPEZ predstavuje|
Chémia je prakticky jedinou vednou disciplínou, ktorá sa môže pýšiť pomerne veľmi rozsiahlou bibliografiou kníh, publikácií a patentov venovaných problematike chemických informácií. Práca s odbornou chemickou literatúrou je neoddeliteľnou súčasťou vedeckej práce. Experimentovať v oblasti chémie bez informácií z odbornej chemickej literatúry znamená nielen strácať čas a plytvať chemikáliami, ale aj neobjavovať nové poznatky a neposúvať sa vo vede vpred. Odborná chemická literatúra však nie je len dôležitou súčasťou vedy, ale je nevyhnutným doplnkom i pri výučbe chemických predmetov. Informáciám, ktoré rozdeľujeme na primárne, sekundárne a terciárne, sa v tejto vednej disciplíne už celé desaťročia pripisuje veľký význam. Medzi primárne informačné zdroje patria vedecké a odborné časopisy, prednášky, výskumné správy a patenty. K sekundárnym informačným zdrojom zaraďujeme referátové časopisy, súhrnné kompendiá, tzv. „Hadbuch Konzept“, atď. a do skupiny terciárnych informačných zdrojov sú zahrnuté encyklopédie, slovníky, sumarizujúce prehľadné články a iné. S rozvojom počítačových technológií sa postupne a veľmi prirodzene prechádza od klasickej chemickej literatúry k chemickej informatike využívajúcej výpočtovú techniku, ktorá umožňuje zvládnutie obrovského nárastu množstva informácií v chémii, čo by klasickým spôsobom bolo takmer nemožné [1]. Pre chemikov a príbuzné vedné disciplíny sa tak stávajú v súčasnosti pohodlným informačným zdrojom na vypracovanie rešerší na vedecké, ale aj na pedagogické účely. Elektronické informačné zdroje (EIZ) umožňujú efektívne spracovanie rôznych chemických informácií týkajúcich sa chemických štruktúr, reakcií, fyzikálno-chemických vlastností jednotlivých zlúčenín atď. EIZ sú nelicencované, teda voľne dostupné, a licencované, ktoré sú dostupné v rámci akademických knižníc. Národný projekt umožňujúci prístup k licencovaným EIZ a podporujúci výskumné aktivity na Slovensku je známy pod skratkou NISPEZ (Národný informačný systém podpory výskumu a vývoja na Slovensku). Ide o národný projekt podporujúci výskumné aktivity na Slovensku, realizovaný CVTI SR v rokoch 2009 – 2014 a je spolufinancovaný zo zdrojov EÚ. Jednou z databáz podporovanou v rámci projektu NISPEZ, ktorá uľahčuje získavanie informácií o chemických zlúčeninách, je aj databáza REAXYS. Je to rešeršná faktografická databáza na chemické štruktúry, fyzikálno-chemické vlastnosti a reakcie týkajúce sa oblasti organickej chémie, organickej a anorganickej chémie, ktorá obsahuje viac ako 8 mil. chemických zlúčenín, 5 mil. záznamov o reakciách a 3 mil. záznamov bibliografických citácií. Databáza REAXYS má dlhú históriu datovanú od roku 1771 a je postavená na historických základoch nemeckej chémie, ktorých zakladateľmi boli nemeckí velikáni Leopold Gmelin a Friedrich Beilstein. Vychádza z chemických databáz CrossFire Beilstein, CrossFire Gmelin a patentovej databázy Patent Chemistry [2]. V databáze REAXYS je možné vyhľadávať podľa štruktúrnych vzorcov, chemických reakcií a chemických zlúčenín. Súčasťou vyhľadávania sú aj bibliografické odkazy na publikované články, ktorých plné texty je možné vyhľadať vďaka prepojeniu sa do databázy Scopus a ScienceDirect, ktoré umožňujú čerpanie informácií z viac ako 3 800 odborných chemických časopisov a chemických patentov z rôznych medzinárodných patentových úradov [1, 2]. Databáza je prístupná v knižniciach týchto inštitúcií: 1. Chemický ústav SAV 2. Slovenská technická univerzita v Bratislava 3. Univerzita Komenského v Bratislava 4. Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach (Prírodovedecká fakulta) 5. Univerzita Sv. Cyrila a Metoda v Trnave 6. Ústav experimentálnej farmakológie SAV 6. Ústav polymérov SAV Technická požiadavka na používanie databázy REAXYS: je potrebné si nainštalovať voľne stiahnuteľnú verziu JAVY na webovej stránke: http://java.com/en/download/index.jsp (obr. č. 1).
Ďalším odporúčaním je inštalácia špeciálneho kresliaceho programu na chemické štruktúry a reakcie, ako sú MarvinSketch od chemickej softvérovej spoločnosti ChemAxon, prípadne iné kresliace programy, ako napríklad ISIS/Draw (http://mdl-isis-draw.software.informer.com/), Symyx Draw (http://symyx-draw.en.softonic.com/), CrossFire Structure Editor (https://www.reaxys.com/info/node/201) a iné. Inštaláciu kresliaceho programu MarvinSketch nájdete na stránke: http://www.chemaxon.com/marvin/examples/webstart/index.html (obr. č. 2).
Po nainštalovaní odporúčaných programov vstupnou bránou do databázy REAXYS je webová stránka: https://www.reaxys.com/reaxys/secured/start.do, na ktorej sa otvorí domovské okno (obr. č. 3).
Obr. č. 3 Webové sídlo databázy REAXYS – domovská stránka Na lište sa nachádzajú hlavné záložky: Query, Results, Synthesis plans, History, My Alerts, My Settings, Help a Info. Pri otvorení záložky Query dostaneme možnosti Reactions, Substances and Properies a Literature. V záložke Query – Reactions – Generate structure from name po dvojkliknutí na okno v strede s textom MarvinSketch sa otvorí nové okno na písanie štruktúry (obr. č. 4).
Tu pomocou základných skeletov, väzieb a prvkov nakreslíme chemickú štruktúru, ktorú prenesieme do základného okna kliknutím na text Transfer Query v ľavej dolnej časti kresliaceho okna.
Obr. č. 5 Náhľad prenesenej chemickej štruktúry do základného okna po kliknutí na TRANSFER QUERY
Obr. č. 6 Okno zobrazujúce hľadanú látku v chemických reakciách ako východiskovú zlúčenina alebo aj produkt Po kliknutí na Search sa otvorí okno (obr. č. 6), kde sa nami hľadaná látka zobrazí v chemických reakciách ako východisková zlúčenina, ale aj ako produkt. V hornej časti okna vľavo je uvedený počet nájdených reakcií. Na ľavej strane sa nachádzajú možnosti na zúženie vyhľadávania, ako sú výťažok reakcie, katalyzátor, rozpúšťadlá a ďalšie podmienky reakcií. Pod každou reakciou sa nachádzajú zdroje jednotlivých reakcií, citácie. Prepojenie so Scopusom a ScienceDirect umožňuje po kliknutí na Full Text otvoriť plný text článku, patentu hovoriacom o danej reakcii; nutné je však mať licenciu na daný časopis a ročník. Tu si môžeme vybrať určité reakcie a po stlačení Limit to sa nám zobrazia len vybrané reakčné schémy s literárnymi odkazmi, ktoré je možné tak ako aj pri nelimitovaných reakciách si ich vytlačiť, zväčšiť, zmenšiť, usporiadať podľa zvolených kritérií alebo záložkou Output sa dostať k výstupnej správe v pdf formáte (obr. č. 7).
Obr. č. 7 Výstupná správa o hľadanej chemickej látke v pdf formáte záložka OUT-PUT Ak sa chceme dozvedieť viac informácií o jednotlivých vstupných reaktantoch a produktoch, klikneme na ikony pod chemickými štruktúrami v rovniciach
Po kliknutí na Show details dostaneme plnú citáciu uvedeného článku (obr. č. 9).
Obr. č. 9 Plná citácia článku po kliknutí na SHOW DETAILS
Na získanie informácií o vlastnostiach danej zlúčeniny klikneme v pôvodnom okne pod obrázkom na Copy to Substances Tab (obr. č. 10) a štruktúra sa prenesie do záložky Substances and Properties (obr. č. 11).
Obr. č. 10 Informácie o vlastnostiach danej zlúčeniny – kliknutie v pôvodnom okne pod obrázkom na COPY TO SUBSTANCES
Obr. č. 11 prenesená štruktúra v záložke SUSTANCES AND PROPERTIES
Po kliknutí na Search sa objaví tabuľka s vyhľadávaním (obr. č. 12) a po chvíli vyhľadávania sa dostaneme k informáciám o hľadanej zlúčenine, citáciám, s ktorými pracujeme ako pri reakciách a informáciách o nich. Môžeme ich usporadúvať, limitovať, tlačiť, zväčšovať a zmenšovať alebo z nich urobiť výstupnú správu v pdf formáte (obr. č. 13).
Obr. č. 12 Tabuľka s vyhľadávaním
Obr. č. 13 Výstupná správa z vyhľadávania v PDF formáte Kliknutím napríklad na spektrá dostaneme nasledujúce informácie o spektrách hmotnostných, o NMR, informácie z fluorescenčnej UV/VIS spektroskopie atď. (obr. č. 14).
Obr. č. 14 Informácie o spektrách V záložke Literatúra po uvedení kľúčového slova, názvu článku, autora sa zobrazí okno s hľadaným údajom, cez ktoré sa znovu dá dostať k abstraktom či plným textom. V prípade, že nevieme chemickú štruktúru zlúčeniny, klikneme na nápis Generate strukture from name a po otvorení okna zadáme systémový alebo triviálny názov zlúčeniny. Stlačením Submit sa vygeneruje štruktúra a pokračujeme tak ako pri nakreslení chemickej štruktúry v hľadaní reakcií, vlastností o zlúčenine, ktorú sme si zadali do databázy, či už cez chemickú štruktúru alebo jej chemický názov. Databáza REAXYS predstavuje významný zdroj informácií pre vedeckovýskumných pracovníkov, študentov všetkých stupňov štúdia v oblasti chémie, farmácie a im príbuzných vedných disciplín. Ponúka kvalitné informácie o chemických reakciách, chemických zlúčeninách a ich fyzikálno-chemických vlastnostiach. V budúcnosti sa preto právom očakáva nárast vo využívaní online databázy REAXYS.
Použitá literatúra: 1. ŠILHÁNEK, J. Chemická informatika. Praha : Vydavateľstvo VŠCHT, 2002. 355 s. 2. http://www.uclan.ac.uk/students/library/reaxys.php 3. https://www.reaxys.com/info/
Podporujeme výskumné aktivity na Slovensku |
. 
(obr. č. 8). 
